BOLOGNA SUMMER SCHOOL OF GENOME REGULATION

Workshop intensivo sulla bioinformatica
Bologna 14-18 Luglio 2025



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La Bologna Summer School of Genome Regulation, organizzata da G-Lab S.r.l. Impresa Sociale in collaborazione con Fondazione Golinelli e con la direzione scientifica di Alessandro Gardini, professore associato in Genome Regulation and Cell Signaling al The Wistar Institute (Philadelphia) e di Giovanni Perini, Professore di Genetica all’Università di Bologna, è una scuola estiva di cinque giorni, che si svolgerà a Opificio Golinelli dal 14 al 18 luglio 2025.

Un’esperienza formativa intensiva che integra lezioni teoriche sulle tecnologie genomiche più avanzate con seminari di ricercatori leader nel campo della biologia genomica ed esercitazioni pratiche di bioinformatica.

Il programma coprirà i temi delle tecnologie di sequenziamento high-throughput di DNA e RNA, dei principi di epigenomica e trascrittomica e dell’organizzazione 3D del genoma.

Obiettivi

La regolazione dell'espressione genica è il pilastro di tutti processi di sviluppo cellulare ed è cruciale per mantenere l'omeostasi di tessuti e cellule. Difetti di espressione genica sono alla base di malattie ereditarie e sporadiche, dal cancro ai disturbi neurodegenerativi. Nell’attuale era genomica, le piattaforme sperimentali per studiare l’espressione genica sono accessibili a ricercatrici e ricercatori del settore biomedicale, tuttavia l’analisi bioinformatica dei grandi dataset genomici/epigenomici/trascrittomici rappresenta ancora un ostacolo per chi fa ricerca.

La Summer School in Genome Regulation è un workshop intensivo per giovani scienziati/e nel campo biomedico, interessati ad approfondire i principi molecolari di trascrizione, epigenetica e organizzazione del nucleo cellulare. Oltre a seminari e lezioni teoriche, la scuola offrirà agli studenti una formazione pratica sull'analisi bioinformatica di un'ampia gamma di dataset genomici (ad esempio: ChIP-seq, CUT&TAG, ATAC-seq, single cell RNA-seq, Hi-C).

Destinatari

Laureati e laureate (attualmente iscritti/e a un programma di dottorato in scienze biologiche e biomediche), ricercatori e ricercatrici post-dottorato, scienziati e scienziate senior. 

Una laurea è un requisito minimo, preferibile un master. 

Sono richieste conoscenze di base di biochimica, genetica, biologia molecolare e principi di base della biostatistica

Il corso è interamente in lingua inglese ed è progettato per partecipanti con competenze informatiche di base. Sebbene non sia richiesta una conoscenza preliminare della biologia computazionale, è apprezzata familiarità con la shell Linux e l’ambiente R.

Come funziona

Programma

La scuola estiva durerà da lunedì 14 luglio 2025, alle ore 9, a venerdì 18 luglio 2025, alle ore 18.

ore 9:30 - Teoria e pratica

ore 11:00 - Pausa caffè

ore 11:30 -  Seminario 

ore 13:00 - Pranzo

ore 14:00 - Laboratorio di bioinformatica

ore 18:00 - Discussione finale

Tra i temi scientifici trattati:

  • regolazione epigenomica,
  • trascrizione ed elaborazione del RNA,
  • genoma 3D e Single Cell Omics.

laboratori di bioinformatica approfondiranno:

  • mapping, annotation  and statistical analysis of histone marks, DNA methylation and transcription factors ( CUT&TAG, CUT&RUN, ChIP-seq)
  • analysis of bulk RNA-seq datasets: from differential gene expression to correlation with the epigenome states
  • pathway analysis and GSEA
  • mapping and annotation of Hi-C datasets
  • analysis of enhancer-promoter loops in mammalian cells
  • principles of scRNAseq: clustering and pseudotime analysis.

Comitato scientifico

Alessandro Gardini, PhD

Professore associato in Regolazione del genoma e segnalazione cellulare
Direttore scientifico, Risorse condivise sulla genomica
The Wistar Institute, Philadelphia

Giovanni Perini, PhD

Professore di Genetica
Dipartimento di Farmacia e Biotecnologie
Università di Bologna

Tutor

Sandra Deliard, PhD

Ricercatrice
The Wistar Institute
Sandra è una bioinformatica del laboratorio diretto da Alessandro Gardini presso il Wistar Institute. Ha conseguito il dottorato di ricerca in Scienze biomediche presso la Temple University nel 2019. I suoi principali interessi di ricerca sono la regolazione del genoma 3D e le dinamiche degli enhancer durante lo sviluppo cellulare.

Phillip Wulfridge, PhD

Ricercatore
The Wistar Institute
Phillip è un bioinformatico del laboratorio diretto da Kavitha Sarma presso il Wistar Institute. Ha conseguito il dottorato di ricerca in medicina cellulare e molecolare presso la Johns Hopkins University nel 2018. La sua ricerca si concentra sulla formazione di R-loop e sulla regolazione della metilazione del DNA nel cancro.

Paolo Manzi

Biotech specialist e tecnico di laboratorio
G-Lab S.r.l. Impresa Sociale
Chimico farmaceutico con esperienza come tecnico di laboratorio ricerca e sviluppo in ambito chimico-analitico. Docente per corsi di bioinformatica per studenti delle scuole secondarie. Tutor scientifico e formatore di Fondazione Golinelli.

Speaker

Ari M. Melnick, MD

Professore di Ematologia/Oncologia
Direttore, Sackler Center per le Scienze biomediche e fisiche
Dipartimento di Medicina e Farmacologia
Weill Cornell Medical College - New York, USA

Elisa Oricchio, PhD

Professoressa associata
EPFL - École Polytechnique Fédérale de Lausanne
Losanna, Svizzera

Juan Valcárcel, PhD

Professore presso ICREA
Group Leader del Programma di Biologia del Genoma
CRG - Center for Genomic Regulation
Barcellona, Spagna

Organizzazione e coordinamento

Eugenia Ferrara

Vice direttore Fondazione Golinelli
Presidente G-Lab S.r.l. Impresa Sociale

Raffaella Spagnuolo

Program manager Didattica 14-18 e responsabile scientifico laboratori

Patrocini

Sponsor

Informazioni

altaformazione@g-lab.eu